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Run: SRR6046766
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Run ID: SRR6046766

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:23:01

Number of reads: 976133

Percentage reads mapped: 34.57

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7387 p.Ile29Asn missense_variant 0.14
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8414 c.1113C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.12
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.18
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.26
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.24
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.24
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471951 n.106G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472100 n.255T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472506 n.661A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1473848 n.191G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474221 n.564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474361 n.704C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474573 n.916C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474576 n.919T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474608 n.951T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474609 n.952G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474610 n.953C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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