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Run: ERR5087846
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Run ID: ERR5087846

Sample name:

Date: 01-04-2023 22:20:23

Number of reads: 1272312

Percentage reads mapped: 64.45

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.23
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764524 c.1155C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764533 c.1164C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764549 p.Pro394Thr missense_variant 0.26
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.31
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.28
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.27
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.36
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764660 p.Val431Ile missense_variant 0.21
rpoC 764668 c.1299C>A synonymous_variant 0.19
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765351 p.Ala661Val missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1473391 n.-267C>T upstream_gene_variant 0.67
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474935 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475033 n.1376G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475068 n.1411A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475078 n.1421T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475084 n.1427G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475108 n.1451C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475111 n.1454G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475119 n.1462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475750 n.2093A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475981 n.2324G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476025 n.2368G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476045 n.2388G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476046 n.2389G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476127 n.2470C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476195 n.2538C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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