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Run: ERR9119483
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Run ID: ERR9119483

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:52:56

Number of reads: 3520952

Percentage reads mapped: 90.2

Strain: lineage5.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage5 West-Africa 1 AFRI_2;AFRI_3 RD711 0.98
lineage5.2 West-Africa 1 AFRI_2;AFRI_3 RD711 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.14 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
gyrA 7581 p.Asp94Asn missense_variant 0.5 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761100 p.Gln432Lys missense_variant 0.97 rifampicin
rpoB 761139 p.His445Asp missense_variant 0.96 rifampicin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.99 isoniazid
pncA 2289213 p.Gln10Pro missense_variant 0.97 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 0.96 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 0.99
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9566 c.2265C>T synonymous_variant 0.99
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
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rpoB 760298 c.492G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 760310 c.504G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 760316 c.510C>G synonymous_variant 0.15
rpoB 760325 c.519G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 760331 c.525G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 760334 c.528G>T synonymous_variant 0.16
rpoB 760340 c.534G>T synonymous_variant 0.16
rpoB 760357 p.Thr184Ser missense_variant 0.13
rpoB 760361 c.555T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 760406 c.600G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760407 p.Ser201Gly missense_variant 0.12
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rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
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