Run ID: ERR9119483
Sample name:
Date: 02-04-2023 09:52:56
Number of reads: 3520952
Percentage reads mapped: 90.2
Strain: lineage5.2
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
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Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
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lineage5 | West-Africa 1 | AFRI_2;AFRI_3 | RD711 | 0.98 |
lineage5.2 | West-Africa 1 | AFRI_2;AFRI_3 | RD711 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 0.96 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6446 | p.Ala403Ser | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
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