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Run: SRR18003031
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Run ID: SRR18003031

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:15:02

Number of reads: 4639755

Percentage reads mapped: 92.7

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
inhA 1674048 c.-154G>A upstream_gene_variant 0.98 isoniazid, ethionamide
thyA 3074249 p.His75Asn missense_variant 1.0 para-aminosalicylic_acid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.97
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.4
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471925 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474425 n.768A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474438 n.781A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475656 n.1999G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475704 n.2047C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476025 n.2368G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476080 n.2423T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476089 n.2432T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476090 n.2434dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476097 n.2440C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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