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Run: SRR6045384
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Run ID: SRR6045384

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:58:13

Number of reads: 177633

Percentage reads mapped: 9.37

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7932 p.Asp211Asn missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.33
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.33
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.25
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.29
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.25
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417345 c.3G>A start_lost 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471763 n.-83C>T upstream_gene_variant 0.29
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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