TB-Profiler result

Run: SRR6045621
Summary

Run ID: SRR6045621

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:02:36

Number of reads: 1951921

Percentage reads mapped: 54.89

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2288955 p.Lys96Arg missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1473407 n.-251A>C upstream_gene_variant 0.18
rrl 1473409 n.-249T>A upstream_gene_variant 0.18
rrl 1473411 n.-247G>T upstream_gene_variant 0.18
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475707 n.2050T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1834166 p.Gly209Ser missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.19
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039645 p.His354Asp missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
embB 4249678 c.3165C>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338507 c.15C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0