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Run: SRR6045944
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Run ID: SRR6045944

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:08:12

Number of reads: 1712472

Percentage reads mapped: 63.41

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326204 c.1268_1269dupGC frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.22
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
ccsA 620194 p.Thr102Ala missense_variant 0.11
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302920 c.-11G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473286 n.1441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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