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Run: SRR6856032

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Run ID: SRR6856032

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:53:52

Number of reads: 391011

Percentage reads mapped: 32.26

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575787 p.Tyr147Cys missense_variant 0.2
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764624 p.Gly419Arg missense_variant 0.11
rpoC 765893 c.2525delA frameshift_variant 0.12
rpoC 767266 c.3897G>A synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777642 p.Phe280Ser missense_variant 0.17
mmpS5 778703 p.Asn68Ile missense_variant 0.15
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406253 p.Gly363Val missense_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472405 n.560C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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