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Run: ERR3324351
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Run ID: ERR3324351

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:50:20

Number of reads: 485221

Percentage reads mapped: 17.1

Strain: lineage4.1.4

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.4 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Gln missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2154624 c.1487delG frameshift_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289202 p.Cys14Gly missense_variant 0.97 pyrazinamide
ahpC 2726112 c.-81C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
embB 4248002 p.Gln497Lys missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327292 p.Thr61Met missense_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8985 c.1687_1689delACC conservative_inframe_deletion 0.15
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490717 c.-66C>G upstream_gene_variant 0.12
fgd1 491506 p.Ala242Thr missense_variant 0.2
mshA 575674 c.330_334delCAACG frameshift_variant 0.15
mshA 576414 p.Gly356Val missense_variant 0.17
rpoB 760113 p.Asp103His missense_variant 0.12
rpoB 760547 c.743delT frameshift_variant 0.12
rpoB 761242 p.Pro479Gln missense_variant 0.22
rpoB 763215 p.Ala1137Ser missense_variant 0.17
rpoC 765105 p.Leu579Pro missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765455 p.Ile696Val missense_variant 0.17
rpoC 767311 p.Asp1314Glu missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777594 p.Glu296Gly missense_variant 0.25
mmpL5 778042 p.Ala147Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303897 c.967C>T synonymous_variant 0.22
Rv1258c 1407398 c.-58A>G upstream_gene_variant 0.12
Rv1258c 1407506 c.-166T>C upstream_gene_variant 0.12
embR 1416420 p.Ile310Val missense_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472872 n.1027G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.19
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474738 n.1081G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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