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Run: SRR6046246
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Run ID: SRR6046246

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:13:51

Number of reads: 2825516

Percentage reads mapped: 79.48

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.26
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766582 c.3213C>A synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778624 c.-144C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472339 n.494C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472347 n.502C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474878 n.1221C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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