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Run: ERR3324362
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Run ID: ERR3324362

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:50:44

Number of reads: 518501

Percentage reads mapped: 27.29

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
gid 4408066 c.136delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576612 p.Ala422Val missense_variant 0.17
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 767000 p.Thr1211Ala missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304229 p.Met433Ile missense_variant 0.14
embR 1416742 c.606C>A synonymous_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472842 n.997G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472872 n.1027G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.13
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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