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Run: SRR1792247
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Run ID: SRR1792247

Sample name:

Date: 03-04-2023 18:51:08

Number of reads: 1364352

Percentage reads mapped: 21.24

Strain: La1.7.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.7 M.bovis None None 1.0
La1.7.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472839 n.994C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472864 n.1019C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472878 n.1034delT non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473101 n.1256C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473107 n.1262G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473108 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.3
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475180 n.1523G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475263 n.1606G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475278 n.1621G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476229 n.2572C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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