TB-Profiler result

Run: ERR10762248
Summary

Run ID: ERR10762248

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:00:29

Number of reads: 3838646

Percentage reads mapped: 86.2

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.98 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.96 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.18
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.13
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474305 n.648G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475996 n.2339T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288778 p.Val155Glu missense_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.19
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.33
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0