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Run: ERR10796623
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Run ID: ERR10796623

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:43

Number of reads: 9727573

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575688 p.Ala114Val missense_variant 0.12
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777883 p.Gly200Arg missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476381 n.2724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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