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Run: ERR10796631

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Run ID: ERR10796631

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:53

Number of reads: 210012

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.3.4

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.05
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8637 c.1336C>T synonymous_variant 0.5
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491379 c.597C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760101 c.295T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760106 c.300G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760112 c.306T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760121 c.315T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760130 p.Asp108Glu missense_variant 0.44
rpoB 760136 c.330G>A synonymous_variant 0.2
rpoB 760139 c.333A>G synonymous_variant 0.29
rpoB 760142 c.336C>G synonymous_variant 0.22
rpoB 760174 p.Tyr123Phe missense_variant 0.2
rpoB 760181 c.375T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 760184 c.378A>G synonymous_variant 0.4
rpoB 760196 c.390C>G synonymous_variant 0.22
rpoB 760223 c.417T>C synonymous_variant 0.25
rpoB 760235 c.429T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 760253 c.447T>C synonymous_variant 0.25
rpoB 760563 p.Arg253Met missense_variant 0.75
rpoB 760591 p.Val262Ala missense_variant 0.75
rpoB 760611 c.805T>C synonymous_variant 0.6
rpoB 760634 c.828T>C synonymous_variant 0.6
rpoB 760646 c.840C>G synonymous_variant 0.6
rpoB 760655 c.849A>G synonymous_variant 0.6
rpoB 760661 c.855A>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760670 c.864G>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760674 c.868T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760679 c.873A>G synonymous_variant 0.5
rpoB 760683 c.877T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761707 p.Asp634Gly missense_variant 1.0
rpoC 762836 c.-534C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762857 c.-513C>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763085 c.-285C>G upstream_gene_variant 0.67
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.71
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763136 c.-234C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763139 c.-231C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763166 c.-204A>G upstream_gene_variant 0.67
rpoC 763169 c.-201A>G upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763202 c.-168A>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763205 c.-165G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763206 c.-164_-162delAGTinsTCC upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763214 c.-156T>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763226 c.-144A>G upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763238 c.-132T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765478 c.2109T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 765499 c.2130C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765508 c.2139C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765517 c.2148C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765541 c.2172C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765553 c.2184C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765556 c.2187G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 765559 c.2190G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 765578 c.2209C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 765687 p.Ala773Gly missense_variant 0.4
rpoC 766861 c.3492G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 766864 c.3495G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 766894 c.3525T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 766895 c.3526T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 766900 c.3531T>C synonymous_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776288 c.2193C>T synonymous_variant 0.4
mmpR5 778286 c.-704G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781772 c.213C>A synonymous_variant 0.29
rpsL 781808 c.249C>T synonymous_variant 0.33
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.33
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.4
rpsL 781838 c.279G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781841 c.282C>G synonymous_variant 0.4
rpsL 781853 c.294C>A synonymous_variant 0.4
rpsL 781865 c.306G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781868 c.309T>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781871 c.312G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781877 c.318T>C synonymous_variant 0.5
rplC 801185 p.Thr126Asn missense_variant 0.67
atpE 1461096 p.Ala18Thr missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471930 n.85G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.38
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474111 n.454T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474112 n.455T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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