TB-Profiler result

Run: ERR10796631
Summary

Run ID: ERR10796631

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:53

Number of reads: 210012

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.3.4

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.05
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8637 c.1336C>T synonymous_variant 0.5
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491379 c.597C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760101 c.295T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760106 c.300G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760112 c.306T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760121 c.315T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 760130 p.Asp108Glu missense_variant 0.44
rpoB 760136 c.330G>A synonymous_variant 0.2
rpoB 760139 c.333A>G synonymous_variant 0.29
rpoB 760142 c.336C>G synonymous_variant 0.22
rpoB 760174 p.Tyr123Phe missense_variant 0.2
rpoB 760181 c.375T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 760184 c.378A>G synonymous_variant 0.4
rpoB 760196 c.390C>G synonymous_variant 0.22
rpoB 760223 c.417T>C synonymous_variant 0.25
rpoB 760235 c.429T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 760253 c.447T>C synonymous_variant 0.25
rpoB 760563 p.Arg253Met missense_variant 0.75
rpoB 760591 p.Val262Ala missense_variant 0.75
rpoB 760611 c.805T>C synonymous_variant 0.6
rpoB 760634 c.828T>C synonymous_variant 0.6
rpoB 760646 c.840C>G synonymous_variant 0.6
rpoB 760655 c.849A>G synonymous_variant 0.6
rpoB 760661 c.855A>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760670 c.864G>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760674 c.868T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 760679 c.873A>G synonymous_variant 0.5
rpoB 760683 c.877T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761707 p.Asp634Gly missense_variant 1.0
rpoC 762836 c.-534C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762857 c.-513C>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763034 c.-336C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763085 c.-285C>G upstream_gene_variant 0.67
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.71
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763136 c.-234C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763139 c.-231C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763166 c.-204A>G upstream_gene_variant 0.67
rpoC 763169 c.-201A>G upstream_gene_variant 0.4
rpoC 763202 c.-168A>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763205 c.-165G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763206 c.-164_-162delAGTinsTCC upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763214 c.-156T>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763226 c.-144A>G upstream_gene_variant 0.75
rpoC 763238 c.-132T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765478 c.2109T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 765499 c.2130C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765508 c.2139C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765517 c.2148C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765541 c.2172C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765553 c.2184C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765556 c.2187G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 765559 c.2190G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 765578 c.2209C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 765687 p.Ala773Gly missense_variant 0.4
rpoC 766861 c.3492G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 766864 c.3495G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 766894 c.3525T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 766895 c.3526T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 766900 c.3531T>C synonymous_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776288 c.2193C>T synonymous_variant 0.4
mmpR5 778286 c.-704G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.29
rpsL 781772 c.213C>A synonymous_variant 0.29
rpsL 781808 c.249C>T synonymous_variant 0.33
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.33
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.4
rpsL 781838 c.279G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781841 c.282C>G synonymous_variant 0.4
rpsL 781853 c.294C>A synonymous_variant 0.4
rpsL 781865 c.306G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781868 c.309T>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781871 c.312G>C synonymous_variant 0.5
rpsL 781877 c.318T>C synonymous_variant 0.5
rplC 801185 p.Thr126Asn missense_variant 0.67
atpE 1461096 p.Ala18Thr missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471930 n.85G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.38
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474111 n.454T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474112 n.455T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474284 n.629dupC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474948 n.1291C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475088 n.1431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475313 n.1656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475326 n.1669A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475333 n.1676T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475369 n.1712G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475608 n.1951T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475638 n.1981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475659 n.2002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475707 n.2050T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476322 n.2665C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rpsA 1833652 c.111C>T synonymous_variant 0.33
rpsA 1833661 c.120A>G synonymous_variant 0.33
rpsA 1833667 c.126C>G synonymous_variant 0.33
rpsA 1834297 c.756C>G synonymous_variant 0.67
rpsA 1834303 c.762T>G synonymous_variant 0.6
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.67
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.3
rpsA 1834375 c.834G>A synonymous_variant 0.2
rpsA 1834396 c.855G>C synonymous_variant 0.2
Rv1979c 2222460 p.Phe235Leu missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726544 p.Leu118Phe missense_variant 0.5
Rv2752c 3065400 c.792A>G synonymous_variant 0.4
Rv2752c 3065406 c.786C>T synonymous_variant 0.5
Rv2752c 3065418 c.774A>G synonymous_variant 0.5
Rv2752c 3065457 c.735A>T synonymous_variant 0.4
Rv2752c 3065463 c.729T>C synonymous_variant 0.33
Rv2752c 3066135 c.57C>T synonymous_variant 0.33
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086727 c.-93G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641018 p.Pro159Leu missense_variant 0.5
alr 3841596 c.-176A>G upstream_gene_variant 0.5
rpoA 3877542 c.966C>T synonymous_variant 0.4
rpoA 3877553 p.Glu319Gln missense_variant 0.5
rpoA 3877557 c.951C>G synonymous_variant 0.5
rpoA 3877587 c.921A>G synonymous_variant 0.5
rpoA 3877613 p.Ile299Val missense_variant 0.5
clpC1 4038587 c.2118C>G synonymous_variant 0.33
clpC1 4038596 c.2109A>G synonymous_variant 0.33
clpC1 4038623 c.2082A>G synonymous_variant 0.33
clpC1 4038647 c.2058T>C synonymous_variant 0.29
clpC1 4038653 c.2052C>T synonymous_variant 0.29
clpC1 4039045 p.Pro554Ser missense_variant 0.5
clpC1 4039064 c.1641C>T synonymous_variant 0.67
clpC1 4039097 c.1608G>C synonymous_variant 0.67
clpC1 4039103 c.1602T>C synonymous_variant 0.67
clpC1 4039106 c.1599G>C synonymous_variant 0.67
clpC1 4039112 c.1593C>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4039121 c.1584T>C synonymous_variant 1.0
embC 4239763 c.-100C>T upstream_gene_variant 0.6
embC 4240830 p.Pro323His missense_variant 1.0
embC 4241927 c.2065C>A synonymous_variant 0.29
embA 4245387 p.Ala719Ser missense_variant 0.67
embA 4245578 p.Lys782Asn missense_variant 0.5
embB 4247338 c.825C>G synonymous_variant 0.5
embB 4247348 p.Thr279Ala missense_variant 0.5
embB 4247355 p.Ala281Val missense_variant 0.4
embB 4247358 p.Val282Ala missense_variant 0.4
embB 4247365 c.852A>C synonymous_variant 0.29
embB 4247371 c.858C>G synonymous_variant 0.25
embB 4247375 p.Leu288Val missense_variant 0.22
embB 4247386 c.873T>C synonymous_variant 0.22
embB 4247389 c.876C>G synonymous_variant 0.22
embB 4247395 c.882C>G synonymous_variant 0.2
embB 4247401 c.888T>C synonymous_variant 0.2
embB 4248130 c.1617G>C synonymous_variant 0.67
embB 4248142 c.1629T>C synonymous_variant 1.0
embB 4248143 c.1630T>C synonymous_variant 1.0
embB 4248157 c.1644A>G synonymous_variant 1.0
embB 4248172 c.1659G>C synonymous_variant 1.0
ethA 4326496 c.978G>T synonymous_variant 0.33
whiB6 4338474 p.Trp16* stop_gained 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0