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Run: ERR4816198
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Run ID: ERR4816198

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:17:34

Number of reads: 13360012

Percentage reads mapped: 94.58

Strain: lineage4.1.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.3 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781421 c.-139C>A upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304610 c.1680C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1473874 n.217G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0