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Run: ERR9787362
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Run ID: ERR9787362

Sample name:

Date: 02-04-2023 13:13:10

Number of reads: 4203576

Percentage reads mapped: 89.98

Strain: lineage6

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 0.92
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620449 c.559C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760855 p.Thr350Ile missense_variant 0.96
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 0.97
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 0.96
rpoB 762018 p.Glu738Lys missense_variant 0.92
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766231 c.2862T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472031 n.186G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472035 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474710 n.1053T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476664 n.3007T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476665 n.3008T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
inhA 1674434 p.Val78Ala missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168160 p.Glu818Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.99
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612143 p.Arg325His missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241843 p.Leu661Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244379 p.Pro383Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267902 p.Val312Ala missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269522 c.-686C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326465 p.Ile337Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408034 p.Glu57Lys missense_variant 1.0