Run ID: ERR10762297
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:02:15
Number of reads: 6202355
Percentage reads mapped: 83.89
Strain: lineage4.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 0.99 |
lineage4.2.1 | Euro-American (TUR) | H3;H4 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761089 | p.Ser428Thr | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
rpoB | 761098 | p.Ser431Thr | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.92 | rifampicin |
rpsL | 781822 | p.Lys88Arg | missense_variant | 0.95 | streptomycin |
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
eis | 2715344 | c.-12C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | kanamycin |
embB | 4247402 | p.Ser297Ala | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491247 | c.465C>T | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.21 |
ccsA | 619969 | p.Val27Ile | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 761027 | c.1221A>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761051 | c.1245G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761054 | c.1248G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761060 | c.1254C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoB | 761064 | p.Ala420Ser | missense_variant | 0.12 |
rpoB | 761102 | c.1296A>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 762176 | c.2370T>C | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 762923 | c.-447C>G | upstream_gene_variant | 0.11 |
rpoC | 762929 | c.-441G>C | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoB | 763007 | p.Cys1067Trp | missense_variant | 0.1 |
rpoB | 763014 | p.Met1070Leu | missense_variant | 0.12 |
rpoB | 763017 | p.Gln1071Glu | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 763028 | c.-342T>C | upstream_gene_variant | 0.16 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.15 |
rpoC | 763040 | c.-330C>G | upstream_gene_variant | 0.15 |
rpoC | 763053 | c.-317_-315delTTGinsCTC | upstream_gene_variant | 0.15 |
rpoC | 763070 | c.-300T>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoB | 763074 | p.Thr1090Val | missense_variant | 0.13 |
rpoB | 763077 | p.Val1091Pro | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 763094 | c.-276G>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 763115 | c.-255T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763504 | c.135C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763507 | c.138G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763528 | c.159G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 763531 | c.162G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 763534 | c.165T>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 763537 | c.168C>T | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763546 | c.177A>G | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.19 |
rpoC | 763633 | c.264T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763636 | c.267T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763660 | c.291T>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763666 | c.297G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763669 | c.300C>G | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764566 | c.1197C>G | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764575 | c.1206T>G | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764581 | c.1212T>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.13 |
rpoC | 764605 | c.1236G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.14 |
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rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.17 |
rpoC | 764716 | c.1347G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoC | 764817 | p.Val483Gly | missense_variant | 0.96 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
atpE | 1460953 | c.-92T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472148 | n.303T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
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