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Run: ERR10762297
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Run ID: ERR10762297

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:02:15

Number of reads: 6202355

Percentage reads mapped: 83.89

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761089 p.Ser428Thr missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761098 p.Ser431Thr missense_variant 0.11 rifampicin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.92 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.95 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.21
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761064 p.Ala420Ser missense_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.11
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoB 763007 p.Cys1067Trp missense_variant 0.1
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.12
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.12
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763053 c.-317_-315delTTGinsCTC upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.13
rpoB 763077 p.Val1091Pro missense_variant 0.13
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.13
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.17
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 0.96
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460953 c.-92T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474664 n.1007G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476288 n.2631T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1834024 c.483G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834336 c.795C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.23
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0