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Run: ERR10796561
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Run ID: ERR10796561

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Date: 31-03-2023 11:11:32

Number of reads: 5104411

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2288879 c.361_362delCG frameshift_variant 0.12 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5336 p.Tyr33Asn missense_variant 0.14
gyrB 5502 p.Thr88Ile missense_variant 0.29
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491268 c.486C>A synonymous_variant 0.15
fgd1 491489 p.Asp236Ala missense_variant 0.15
fgd1 491514 c.732C>T synonymous_variant 0.12
mshA 576123 p.Leu259Arg missense_variant 0.33
mshA 576240 p.Ala298Gly missense_variant 0.29
mshA 576745 c.1398G>T synonymous_variant 0.2
rpoB 760613 c.807G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762202 p.Lys799Arg missense_variant 0.18
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.15
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.15
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 762386 c.-984C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.14
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777459 p.Ile341Thr missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801102 c.294G>A synonymous_variant 0.2
fbiC 1305193 p.Gly755Ser missense_variant 0.12
Rv1258c 1406126 c.1215G>C synonymous_variant 0.11
embR 1416783 p.Ala189Ser missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.42
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475414 n.1757G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475590 n.1933A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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