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Run: ERR4818272
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Run ID: ERR4818272

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:27:57

Number of reads: 882254

Percentage reads mapped: 65.73

Strain: lineage4.3.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472027 n.184_188delCGGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472037 n.192A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472038 n.193_194insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472042 n.197_198insG non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474123 n.466A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475187 n.1530C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475759 n.2102C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103059 c.-17G>A upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2169587 c.1026G>A synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
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