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Run: SRR6982471
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Run ID: SRR6982471

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:38:34

Number of reads: 316816

Percentage reads mapped: 8.99

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576218 p.Pro291Ser missense_variant 0.15
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 760334 c.528G>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761608 c.1807delG frameshift_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766500 p.Ala1044Val missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776468 p.Glu671Asp missense_variant 0.12
mmpL5 776494 p.Gln663* stop_gained 0.13
mmpL5 776940 p.Tyr514Cys missense_variant 0.14
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303380 c.450T>C synonymous_variant 0.11
fbiC 1304297 p.Gln456Arg missense_variant 0.12
fbiC 1305048 c.2118G>C synonymous_variant 0.17
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
atpE 1461183 p.Gly47Trp missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472391 n.546C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473097 n.1252G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473112 n.1267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473119 n.1274_1275insT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476075 n.2418_2419insGTCA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476078 n.2422_2425delGTAT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476088 n.2431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476100 n.2443A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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