TB-Profiler result

Run: SRR6982448
Summary

Run ID: SRR6982448

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:37:40

Number of reads: 293367

Percentage reads mapped: 28.52

Strain: lineage4;lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.95
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.08
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.92
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.87
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5672 p.Glu145* stop_gained 0.17
gyrB 6929 p.Ala564Thr missense_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7695 p.Ala132Ser missense_variant 0.18
gyrA 8173 c.874delC frameshift_variant 0.18
gyrA 8648 p.Gln449His missense_variant 0.22
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490723 c.-60C>T upstream_gene_variant 0.22
fgd1 491233 p.Asp151Tyr missense_variant 0.2
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.5
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.64
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576388 c.1041G>T synonymous_variant 0.17
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>G upstream_gene_variant 0.33
rpoB 762184 p.Gly793Glu missense_variant 0.2
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.83
rpoC 764743 p.Lys458Asn missense_variant 0.22
rpoC 765988 c.2619G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 766820 p.Asp1151Asn missense_variant 0.13
rpoC 766865 p.Thr1166Ala missense_variant 0.18
rpoC 766884 p.Ser1172Leu missense_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.94
mmpL5 776464 p.Ser673Thr missense_variant 0.22
mmpL5 776592 p.Leu630Pro missense_variant 0.15
mmpS5 778683 p.Asp75His missense_variant 0.14
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781887 p.Arg110Cys missense_variant 0.18
rplC 800854 p.Val16Ile missense_variant 0.15
rplC 800889 c.81C>A synonymous_variant 0.15
fbiC 1303772 p.His281Arg missense_variant 0.11
fbiC 1303778 p.Glu283Gly missense_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.93
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472418 n.573T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472842 n.997G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472872 n.1027G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475227 n.1572delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
inhA 1674264 c.63C>T synonymous_variant 0.33
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.94
rpsA 1834557 p.Ala339Asp missense_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102340 p.Arg235Trp missense_variant 0.15
ndh 2102343 p.Ala234Ser missense_variant 0.13
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167743 p.Gly957Val missense_variant 0.5
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168572 p.Asn681Tyr missense_variant 0.14
Rv1979c 2222904 c.261G>T synonymous_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2715235 p.Ala33Val missense_variant 0.22
eis 2715482 c.-150C>A upstream_gene_variant 0.12
ahpC 2725955 c.-238C>T upstream_gene_variant 0.22
ahpC 2726620 p.Glu143Gly missense_variant 0.15
pepQ 2860463 c.-45C>A upstream_gene_variant 0.17
ribD 2987182 p.Pro115Leu missense_variant 0.18
Rv2752c 3065310 c.881delC frameshift_variant 0.15
Rv2752c 3065346 c.846T>C synonymous_variant 0.17
thyA 3073924 p.Leu183Trp missense_variant 0.14
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087719 c.900C>T synonymous_variant 0.15
fbiD 3339712 p.Arg199Ser missense_variant 0.33
Rv3083 3448670 p.Asp56Gly missense_variant 0.13
Rv3083 3449762 p.Val420Ala missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474726 c.720G>A synonymous_variant 0.25
Rv3236c 3611991 p.Gly376Arg missense_variant 0.14
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
Rv3236c 3612893 p.Leu75Pro missense_variant 0.29
fbiB 3642840 p.Arg436Gly missense_variant 0.22
alr 3840263 c.1158C>T synonymous_variant 0.38
alr 3840427 p.Gly332Ser missense_variant 0.2
clpC1 4038274 p.Gly811Cys missense_variant 0.5
clpC1 4040741 c.-38_-37insC upstream_gene_variant 0.13
panD 4044041 p.Pro81Thr missense_variant 0.22
embC 4240872 p.Val337Asp missense_variant 0.29
embC 4241232 p.Arg457Leu missense_variant 0.18
embC 4241346 p.Gly495Val missense_variant 0.2
embC 4241373 p.Arg504His missense_variant 0.14
embC 4242214 c.2352C>T synonymous_variant 0.29
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4243911 p.Leu227Ile missense_variant 0.29
embA 4246344 p.Arg1038Cys missense_variant 0.17
embB 4246709 p.Ser66Gly missense_variant 0.33
embB 4248128 p.Arg539Trp missense_variant 0.18
embB 4248794 p.Ala761Ser missense_variant 0.12
embB 4249232 p.Pro907Thr missense_variant 0.2
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.67
ubiA 4269346 p.Ala163Val missense_variant 0.2
ubiA 4269853 c.-20C>A upstream_gene_variant 0.4
ethA 4326894 p.Leu194Met missense_variant 0.12
ethA 4327297 p.Met59Ile missense_variant 0.13
ethA 4327373 p.Ile34Thr missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338635 c.-114A>C upstream_gene_variant 0.83
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.91
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 0.64
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0
gid 4408281 c.-79C>A upstream_gene_variant 0.15