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Run: ERR10796559
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Run ID: ERR10796559

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:29

Number of reads: 256904

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781793 c.234G>C synonymous_variant 0.4
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.4
rpsL 781802 c.243G>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.4
rpsL 781821 p.Lys88Glu missense_variant 0.4
rpsL 781829 c.270G>T synonymous_variant 0.67
rrs 1471917 n.72G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472430 n.585C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472516 n.671C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472517 n.672T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473312 n.1467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473317 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474479 n.822A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474482 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474626 n.970delG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474662 n.1005C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475989 n.2332T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476189 n.2532C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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