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Run: ERR4821769
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Run ID: ERR4821769

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Date: 01-04-2023 17:26:41

Number of reads: 1443258

Percentage reads mapped: 60.76

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54 streptomycin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.15
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.14
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764602 c.1233C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765773 p.Ile802Val missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776083 p.Ala800Ser missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474110 n.453A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474123 n.466A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474309 n.652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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