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Run: SRR5818388
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Run ID: SRR5818388

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:18:43

Number of reads: 429156

Percentage reads mapped: 93.18

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471925 n.80_81insAAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471931 n.87_89delAGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471980 n.135G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472119 n.274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475992 n.2335T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475995 n.2338G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475999 n.2342G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476035 n.2378G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476046 n.2389G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476059 n.2402G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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