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Run: SRR6046442
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Run ID: SRR6046442

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:16:59

Number of reads: 2731350

Percentage reads mapped: 79.97

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.95
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471925 n.80_81insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471930 n.85G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471931 n.86G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471981 n.136C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472070 n.225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472327 n.482G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473099 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474183 n.527delC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474231 n.574C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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