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Run: SRR6785282
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Run ID: SRR6785282

Sample name:

Date: 04-04-2023 15:42:34

Number of reads: 3147669

Percentage reads mapped: 21.49

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.98
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.89
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.96
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303095 c.165G>A synonymous_variant 0.94
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472375 n.530A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472398 n.553T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472506 n.661A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472516 n.671C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472536 n.691G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472546 n.701G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472549 n.704G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472554 n.709A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472560 n.715G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472573 n.728C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472576 n.731T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472606 n.761C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472735 n.890C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472740 n.895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472785 n.940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473158 n.1313T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473193 n.1348G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473204 n.1359C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474265 n.608G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474268 n.611C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474555 n.898T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474563 n.906G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474594 n.937G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474597 n.940T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474624 n.967G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474804 n.1147_1148insAT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474812 n.1155G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474828 n.1171G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474833 n.1176G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475869 n.2212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475870 n.2213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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