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Run: ERR10796562
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Run ID: ERR10796562

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Date: 31-03-2023 11:11:32

Number of reads: 4498379

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.88
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8169 p.Gln290* stop_gained 0.14
gyrA 8178 p.Asp293Asn missense_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491473 p.Ile231Val missense_variant 0.4
fgd1 491791 c.1009T>A stop_lost&splice_region_variant 0.17
rpoB 761105 c.1299C>T synonymous_variant 0.36
rpoC 762899 c.-471G>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762959 c.-411G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781562 c.3G>A start_lost 0.2
rpsL 781666 p.Arg36His missense_variant 0.25
rplC 800867 p.Ser20Ile missense_variant 0.15
fbiC 1302809 c.-121delC upstream_gene_variant 0.14
fbiC 1305202 p.Arg758Cys missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.28
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474635 n.979_982delACCG non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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