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Run: SRR6045496
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Run ID: SRR6045496

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:00:16

Number of reads: 919510

Percentage reads mapped: 31.2

Strain: lineage6.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.1.3 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
embC 4240781 p.Ala307Thr missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 1.0
gyrA 8806 p.Asp502Gly missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760855 p.Thr350Ile missense_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoB 762344 c.2538G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.11
rpoC 766231 c.2862T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 0.98
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472418 n.573T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1473515 n.-143G>A upstream_gene_variant 0.17
rrl 1473633 n.-25C>T upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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