Run ID: SRR5818464
Sample name:
Date: 04-04-2023 11:32:49
Number of reads: 854826
Percentage reads mapped: 91.46
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471923 | n.78T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1471925 | n.80_81insAAGCTTG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1471929 | n.84C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1471931 | n.87_89delAGA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1471967 | n.122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1471980 | n.135G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1471981 | n.136C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472017 | n.172C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472119 | n.274G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472225 | n.380C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472285 | n.440A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472286 | n.441C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472289 | n.444T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472290 | n.445C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472297 | n.453_461delGTCCGGGTT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472309 | n.464C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472311 | n.466C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472312 | n.468_470delGAT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472324 | n.479G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472325 | n.480G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472328 | n.483G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472330 | n.485G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472435 | n.590T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472438 | n.593T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472439 | n.594C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472447 | n.602C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472448 | n.603T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472450 | n.605A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472451 | n.606C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472461 | n.616G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472462 | n.617T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472464 | n.619A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472471 | n.626G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472489 | n.644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472685 | n.840G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472686 | n.841G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472686 | n.841G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rrs | 1472690 | n.845C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1472692 | n.847T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472836 | n.991G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472837 | n.992C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472840 | n.995A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472843 | n.998_999insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472846 | n.1002delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472849 | n.1004C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472850 | n.1005T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472855 | n.1011_1012insGT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472873 | n.1028C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472878 | n.1033G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472972 | n.1127T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1473384 | n.-274A>G | upstream_gene_variant | 0.59 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474803 | n.1146G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474825 | n.1168G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475762 | n.2105G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475764 | n.2107A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475765 | n.2108A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475769 | n.2112T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475883 | n.2226A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475900 | n.2243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475902 | n.2245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475937 | n.2280A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1475945 | n.2288C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1475963 | n.2306G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1475970 | n.2313C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1475975 | n.2318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1475978 | n.2321C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1475993 | n.2336C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1475998 | n.2341C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476001 | n.2344T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476030 | n.2373A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476032 | n.2375C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476034 | n.2377C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476040 | n.2383C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476045 | n.2388G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476047 | n.2390G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476049 | n.2392C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476110 | n.2453G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476113 | n.2456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476131 | n.2474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476164 | n.2507A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476164 | n.2507A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476179 | n.2522C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476194 | n.2537A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476204 | n.2547C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476207 | n.2550T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476253 | n.2596A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476267 | n.2610G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476276 | n.2619C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476297 | n.2640C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476299 | n.2642C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1476308 | n.2651G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476513 | n.2856G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476528 | n.2871A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476548 | n.2891T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476600 | n.2943A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476616 | n.2959A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |