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Run: SRR6046815
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Run ID: SRR6046815

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:23:45

Number of reads: 463900

Percentage reads mapped: 25.55

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8131 p.Gln277Arg missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759633 c.-174C>A upstream_gene_variant 0.29
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762197 c.2391C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.14
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.17
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.15
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.28
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.37
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.28
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.25
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.26
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.28
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.35
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.33
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763067 c.-303C>G upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.3
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.3
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.12
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.33
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763663 c.294C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763702 c.333C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763705 c.336G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.18
rpoC 763711 c.342G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.12
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763744 c.375G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764614 c.1245G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764647 c.1278C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.6
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 764656 c.1287C>A synonymous_variant 0.25
rpoC 764659 c.1290C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764660 p.Val431Ile missense_variant 0.2
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.2
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.18
rpoC 764687 p.Gln440Glu missense_variant 0.15
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.14
rpoC 764706 p.Leu446His missense_variant 0.17
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764719 c.1350G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 764731 c.1362G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781518 c.-42G>A upstream_gene_variant 0.2
rpsL 781754 c.195G>A synonymous_variant 0.12
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.12
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.13
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472405 n.560C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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