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Run: SRR7645927
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Run ID: SRR7645927

Sample name:

Date: 04-04-2023 19:58:59

Number of reads: 1122226

Percentage reads mapped: 79.69

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 761147 c.1341C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761150 c.1344A>G synonymous_variant 0.14
rpoB 761156 c.1350G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761159 c.1353G>T synonymous_variant 0.11
rpoB 761201 c.1395G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 761213 c.1407G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761234 c.1428G>C synonymous_variant 0.24
rpoB 761249 c.1443A>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761534 c.1728G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761537 c.1731C>G synonymous_variant 0.1
rpoB 761565 p.Met587Leu missense_variant 0.1
rpoB 761570 c.1764T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761573 c.1767C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761579 c.1773G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.28
rpoC 763540 c.171C>T synonymous_variant 0.32
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.3
rpoC 763551 p.Tyr61Ser missense_variant 0.3
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.25
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763648 c.279C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.13
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763705 c.336G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763708 c.339G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763765 c.396T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.33
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.29
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764673 c.1305_1306insTTG conservative_inframe_insertion 0.36
rpoC 764676 p.Leu436Arg missense_variant 0.36
rpoC 764678 c.1310_1312delAGC disruptive_inframe_deletion 0.42
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.42
rpoC 764713 c.1344G>A synonymous_variant 0.37
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.32
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 765952 c.2583G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 765962 c.2593T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 765970 c.2601C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 765973 c.2604C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 765974 p.Asp869Asn missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777893 c.588G>A synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473719 n.62G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473750 n.93C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473813 n.156C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473823 n.166T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473833 n.176G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473924 n.267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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