TB-Profiler result

Run: ERR3324325
Summary

Run ID: ERR3324325

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:49:33

Number of reads: 1239901

Percentage reads mapped: 23.61

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
katG 2155687 p.Asp142Ala missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475046 n.1389A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2221746 c.1416_1418dupCCG disruptive_inframe_insertion 0.92
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726142 c.-51G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448567 p.His22Asp missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878578 c.-71C>A upstream_gene_variant 0.6
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267272 p.Lys522Arg missense_variant 1.0
ethR 4326739 c.-810G>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328004 c.-531C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338417 c.104delC frameshift_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407891 c.311delT frameshift_variant 0.91
fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0