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Run: SRR10315464
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Run ID: SRR10315464

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:06:01

Number of reads: 4127117

Percentage reads mapped: 58.07

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
inhA 1674263 p.Ile21Thr missense_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6144 p.His302Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7615 p.Leu105Arg missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.35
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 766485 p.Val1039Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474309 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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