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Run: SRR6044841
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Run ID: SRR6044841

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:48:21

Number of reads: 48863

Percentage reads mapped: 2.17

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6235 c.996C>T synonymous_variant 0.67
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 1.0
rpoC 763555 c.186C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763558 c.189C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.5
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.4
rpoC 763598 p.Arg77Lys missense_variant 0.4
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.5
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.6
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.57
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.43
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.5
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.67
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.67
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.67
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.67
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.67
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.67
rpoC 764665 c.1296C>T synonymous_variant 0.67
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1417139 p.Ala70Val missense_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473292 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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