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Run: SRR6397815
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Run ID: SRR6397815

Sample name:

Date: 04-04-2023 14:15:32

Number of reads: 4231714

Percentage reads mapped: 72.07

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7158 c.1931_1933delCCG disruptive_inframe_deletion 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762959 c.-411G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472507 n.662C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rpsA 1834039 c.498C>T synonymous_variant 0.26
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ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0