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Run: SRR1173421
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Run ID: SRR1173421

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:24:43

Number of reads: 29200

Percentage reads mapped: 0.98

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 761063 c.1257C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 1.0
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761111 c.1305C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761186 p.Glu460Asp missense_variant 1.0
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761207 c.1401C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761213 c.1407G>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761231 c.1425C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761234 c.1428G>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761246 c.1440C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761249 c.1443A>G synonymous_variant 0.5
rpoB 761261 c.1455G>T synonymous_variant 0.67
rpoB 761264 c.1458C>G synonymous_variant 0.67
rpoB 761270 c.1464C>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762197 c.2391C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762209 c.2403C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762236 c.2430G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762257 c.2451C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762284 c.2478G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762959 c.-411G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763606 c.237C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473836 n.179A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473862 n.205C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474142 n.486delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474153 n.496C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474166 n.509G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474167 n.510T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474707 n.1051_1052delCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474711 n.1055_1056insCAAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475576 n.1919C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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