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Run: SRR6044983
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Run ID: SRR6044983

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:50:47

Number of reads: 781242

Percentage reads mapped: 45.4

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
tlyA 1918517 c.582dupC frameshift_variant 0.11 capreomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6895 p.Met552Ile missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575745 p.Ala133Gly missense_variant 0.29
mshA 576548 p.Ala401Thr missense_variant 0.13
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761672 c.1866C>A synonymous_variant 0.29
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762552 p.Val916Met missense_variant 0.15
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.15
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.14
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.13
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764387 c.1018_1020delTTGinsCTC synonymous_variant 0.13
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764424 p.Asn352Thr missense_variant 0.14
rpoC 764428 c.1059G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.14
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.14
rpoC 764444 p.Asp359* stop_gained 0.12
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.26
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764542 c.1173C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.18
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.13
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.14
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.41
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.36
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.3
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.3
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.29
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 766195 c.2826A>G synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775913 c.2568C>T synonymous_variant 0.18
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801325 p.Asp173Asn missense_variant 0.13
fbiC 1303643 p.Pro238Gln missense_variant 0.13
fbiC 1303647 c.717G>T synonymous_variant 0.13
Rv1258c 1407250 p.Pro31Ser missense_variant 0.15
embR 1416327 p.Ile341Val missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472005 n.160T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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