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Run: ERR10796553
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Run ID: ERR10796553

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:20

Number of reads: 666246

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.9;lineage1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.93
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.07
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.67
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 763621 c.252C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.29
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.75
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472838 n.993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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