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Run: ERR4457829
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Run ID: ERR4457829

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Date: 01-04-2023 06:05:59

Number of reads: 1693841

Percentage reads mapped: 77.43

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 760663 p.Ala286Val missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.97 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
rrs 1472751 n.906A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288805 p.Ala146Glu missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763558 c.189C>A synonymous_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763576 c.207C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.16
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764542 c.1173C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
rpoC 764602 c.1233C>A synonymous_variant 0.14
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764678 p.Lys437His missense_variant 0.17
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764705 p.Leu446Thr missense_variant 0.13
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472028 n.183A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472054 n.210_212delCGC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472065 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472067 n.222G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473280 n.1435G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473289 n.1444T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476019 n.2362G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476029 n.2372A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476033 n.2376T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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