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Run: ERR4798769
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Run ID: ERR4798769

Sample name:

Date: 01-04-2023 08:37:02

Number of reads: 3729285

Percentage reads mapped: 87.08

Strain: lineage1.1.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3.3 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.99
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.95
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.98
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.98
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764679 p.Lys437Ser missense_variant 0.1
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 0.99
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776006 c.2475C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776826 p.Glu552Gly missense_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.95
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472028 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472067 n.222G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473298 n.1453A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474717 n.1060_1061insGGTTC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475078 n.1421T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475088 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.99
PPE35 2168124 p.Gly830Glu missense_variant 0.97
PPE35 2169014 c.1599G>C synonymous_variant 0.99
PPE35 2169630 p.Asn328Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169757 p.Asn286Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.98
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519100 p.Ala329Val missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.99
folC 2747666 c.-68A>G upstream_gene_variant 0.99
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