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Run: SRR18002876
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Run ID: SRR18002876

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:07:28

Number of reads: 2102074

Percentage reads mapped: 53.01

Strain: lineage2.2.2;lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.82
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 0.19
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.89 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.81 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.75 isoniazid
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 0.75 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.88
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.32
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.7
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761219 c.1413G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 0.61
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775974 p.Leu836Ser missense_variant 0.71
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.8
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.85
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473593 n.-65A>C upstream_gene_variant 0.21
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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