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Run: SRR18002999
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Run ID: SRR18002999

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:13:28

Number of reads: 3311015

Percentage reads mapped: 81.55

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.95 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
embB 4249518 p.His1002Arg missense_variant 1.0 ethambutol
pncA 2288900 c.-191_341del frameshift_variant&start_lost 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.45
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
rpoC 766488 p.Pro1040Arg missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474406 n.749T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474413 n.757_778delCCCACACGCGCATACGCGCGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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