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Run: SRR22048536
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Run ID: SRR22048536

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:56:05

Number of reads: 2455192

Percentage reads mapped: 79.94

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766390 c.3021C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303095 c.165G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038968 c.1737G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0