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Run: ERR10796632
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Run ID: ERR10796632

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Date: 31-03-2023 11:12:53

Number of reads: 1831672

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575163 c.-185T>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 760808 c.1002C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 761998 p.Leu731Gln missense_variant 0.15
rpoB 762303 p.Val833Met missense_variant 0.15
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765628 c.2259G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 765723 p.Val785Ala missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305359 p.Thr810Met missense_variant 0.11
embR 1417151 p.Ser66Leu missense_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472970 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474142 n.485C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474991 n.1334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475315 n.1662delG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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