Run ID: ERR10796632
Sample name:
Date: 31-03-2023 11:12:53
Number of reads: 1831672
Percentage reads mapped: 100.0
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
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rpoB | 761998 | p.Leu731Gln | missense_variant | 0.15 |
rpoB | 762303 | p.Val833Met | missense_variant | 0.15 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765628 | c.2259G>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 765723 | p.Val785Ala | missense_variant | 0.12 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1305359 | p.Thr810Met | missense_variant | 0.11 |
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