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Run: SRR7755657
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Run ID: SRR7755657

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:13:29

Number of reads: 4206925

Percentage reads mapped: 89.89

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.15
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763540 c.171C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763551 p.Tyr61Ser missense_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.12
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.12
rpoC 764713 c.1344G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473719 n.62G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473833 n.176G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473924 n.267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474641 n.984G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rpsA 1833922 p.Lys127Asn missense_variant 0.1
rpsA 1833928 c.387G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1833949 c.408T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1833955 c.414G>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519213 p.Ile367Val missense_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.18
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249354 c.2841G>C synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338598 c.-77G>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0