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Run: ERR4811101
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Run ID: ERR4811101

Sample name:

Date: 01-04-2023 10:59:39

Number of reads: 8239492

Percentage reads mapped: 79.75

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.83 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575906 p.Ala187Thr missense_variant 1.0
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
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rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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