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Run: ERR4821119
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Run ID: ERR4821119

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Date: 01-04-2023 17:04:28

Number of reads: 3111430

Percentage reads mapped: 78.46

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.11
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.19
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.17
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.14
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.1
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.13
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.13
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.1
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472208 n.363A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472244 n.399C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472506 n.661A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472892 n.1047T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473049 n.1204T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474901 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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