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Run: ERR8975044

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Run ID: ERR8975044

Sample name:

Date: 02-04-2023 08:38:26

Number of reads: 1970662

Percentage reads mapped: 79.87

Strain: lineage4.1.1.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.2 Euro-American (X-type) X1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.12
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763619 p.Arg84Lys missense_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.12
rpoC 763625 p.Lys86Ser missense_variant 0.12
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763711 c.342G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473022 n.1177G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1476104 n.2448delG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476544 n.2887T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476566 n.2909A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155296 c.816C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449787 c.1284C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039676 c.1029G>A synonymous_variant 1.0
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embB 4246930 p.Gln139His missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0