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Run: SRR6397733
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Run ID: SRR6397733

Sample name:

Date: 04-04-2023 14:11:24

Number of reads: 5512578

Percentage reads mapped: 83.88

Strain: lineage4.4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.99
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 0.99
lineage4.4.1.2 Euro-American T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 779565 c.-660G>C upstream_gene_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471658 n.-188T>C upstream_gene_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472812 n.967A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474467 n.810A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476366 n.2709A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1833970 c.429G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.12
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rpsA 1834000 c.459G>T synonymous_variant 0.13
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